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Cancer Discovery | 临港实验室合作揭示KRAS突变型肝内胆管癌的治疗新策略2023-07-252023年7月24日，临港实验室魏武研究员团队联合复旦大学附属中山医院樊嘉院士团队高强教授、林健博士，在 Cancer Discovery 上发表题为 An inflammatory checkpoint generated by IL1RN splicing offers therapeutic opportunity for KRAS mutant intrahepatic cholangiocarcinoma 的研究论文。 肝内胆管癌(intrahepatic cholangiocarcinoma，iCCA) 是常见的原发性肝癌之一。近年来，研究者基于临床大样本的多组学研究，从iCCA起源及肿瘤微环境异质性等角度对iCCA进行了系统的解析。先后提出了以蛋白组为核心的iCCA分子分型及以转录组为核心的免疫分型，并初步明确KRAS突变是iCCA炎症亚型的主要驱动因素之一。炎症不仅可以促进肿瘤的发生发展，而且严重影响免疫治疗疗效。然而，KRAS突变如何影响iCCA中炎症的分子机制尚不清楚。值得关注的是，越来越多的研究支持可变剪接（alternative splicing，AS）在炎症... -
临港实验室合作建立在体高通量谱系示踪新技术2023-07-182023年7月17日，临港实验室魏武研究组联合中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、神经科学国家重点实验室陈跃军研究组在Nature Methods期刊在线发表了题为”Single-cell mapping of transcriptional and lineage landscape in developing mouse brain”的研究论文。该研究通过建立能够应用于小鼠体内任意组织器官的谱系示踪新技术——CREST，解析了小鼠中脑在胚胎发育过程中的单细胞时空谱系图谱，揭示了小鼠中脑发育过程中新的谱系分化路径和分子调控机制。CREST技术为高通量解析小鼠组织器... 2023年7月17日，临港实验室魏武研究组联合中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、神经科学国家重点实验室陈跃军研究组在Nature Methods期刊在线发表了题为”Single-cell mapping of transcriptional and lineage landscape in developing mouse brain”的研究论文。该研究通过建立能够应用于小鼠体内任意组织器官的谱系示踪新技术——CREST，解析了小鼠中脑在胚胎发育过程中的单细胞时空谱系图谱，揭示了小鼠中脑发育过程中新的谱系分化路径和分子调控机制。CREST技术为高通量解析小鼠组织器... -
中国科学家发布猕猴大脑皮层单细胞空间分布图谱2023-07-122023年7月12日23点， Cell 期刊在线发表了题为“Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in macaque cortex”的研究论文，该研究成果由临港实验室联合中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、华大生命科学研究院、上海脑科学与类脑研究中心、腾讯AI Lab、瑞典皇家理工学院、卡罗林斯卡医学院等单位近100人的科研团队合作完成。该研究利用我国自主研发的超高精度大视场空间转录组测序技术Stereo-seq和snRNA-seq技术，成功绘制了猕猴大脑皮层的细胞类型分类树，并... 2023年7月12日23点， Cell 期刊在线发表了题为“Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in macaque cortex”的研究论文，该研究成果由临港实验室联合中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、华大生命科学研究院、上海脑科学与类脑研究中心、腾讯AI Lab、瑞典皇家理工学院、卡罗林斯卡医学院等单位近100人的科研团队合作完成。该研究利用我国自主研发的超高精度大视场空间转录组测序技术Stereo-seq和snRNA-seq技术，成功绘制了猕猴大脑皮层的细胞类型分类树，并... -
临港实验室联合上海药物研究所等合作发现新型抗新冠病毒3CL蛋白酶抑制剂2023-05-26由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的COVID-19全球大流行已持续三年，给人们的日常生活带来了巨大而深远的影响，且目前奥密克戎亚系分支仍在不断产生变异，持续威胁着人们的生命健康。因此，针对SARS-CoV-2的疫苗和抗病毒药物的研发仍具有重要的研究价值。3C样蛋白酶(3C-like protease, 3CLpro)是冠状病毒复制周期中一类非常关键的半胱氨酸蛋白酶，其负责多聚蛋白前体(pp1a和pp1ab)上11个位点的切割，以释放病毒生命周期所必需的多种非结构蛋白。因此，开发3CLpro抑制剂阻断其蛋白水解活性，可以有效地干扰病毒... -
临港实验室联合上海药物所合作揭示能量感受器AMPK表观调控肺癌转移的新机制2023-03-22近日，临港实验室臧奕研究员联合上海药物研究所李佳团队以及上海肺科医院施宏医生，共同在国际知名期刊Signal Transduction and Targeted Therapy（IF=38）发表题为“Phosphorylation of PHF2 by AMPK releases the repressive H3K9me2 and inhibits cancer metastasis”的研究论文，揭示代谢调节核心分子AMPK（AMP-activated protein kinase）表观调控H3K9me2抑制肺癌转移的新机制。 肺癌是历年来死亡率蝉联第一的恶性肿瘤，其死亡率居高不下主要源于其极易发生转移，因此深入研究肺癌转移的发病机理对于肺癌的控制与治疗至关重要。上皮细胞间充质转化（Epithelial-mesenchymal transition，EMT）被认为是癌细胞扩散的关键驱动因素。EMT过程中常伴随着表观遗传学的染色质重塑，以CDH1为代表的上皮基因，从染色质活跃状态(以组蛋白乙酰化H3Kac和甲基化 H3K4me3为标志)转变为稳定抑制状态(以组蛋白甲基化:H3K27me2/3, H3K9me2/3 为标志)，从而限制上皮基因的转录和表达，促进EMT发生。因此，靶向表... -
临港实验室合作建立跨分化阶段高通量谱系示踪新技术2023-03-182023年3月18日，临港实验室、中国科学院营养与健康研究所魏武研究组联合中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、神经科学国家重点实验室陈跃军研究组，在Cell Stem Cell 期刊上在线发表了题为“Mapping of clonal lineages across developmental stages in human neural differentiation”的研究论文，该研究通过建立能够跨分化阶段高通量谱系示踪新技术-SISBAR，解析了人多能干细胞分化为人腹侧中后脑神经细胞的单细胞谱系，发现了许多新的谱系分化路径和分子调控机制，研究进一步展示了基... 2023年3月18日，临港实验室、中国科学院营养与健康研究所魏武研究组联合中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）、神经科学国家重点实验室陈跃军研究组，在Cell Stem Cell 期刊上在线发表了题为“Mapping of clonal lineages across developmental stages in human neural differentiation”的研究论文，该研究通过建立能够跨分化阶段高通量谱系示踪新技术-SISBAR，解析了人多能干细胞分化为人腹侧中后脑神经细胞的单细胞谱系，发现了许多新的谱系分化路径和分子调控机制，研究进一步展示了基于... -
临港实验室合作揭示配体和辅助蛋白协同调控黑素皮质素受体2的分子机理2023-01-022023年1月2日，临港实验室蒋轶团队联合中国科学院上海药物研究所徐华强和复旦大学王明伟团队，在Cell Research上发表了题为“Structural basis of signaling regulation of the human melanocortin-2 receptor by MRAP1”的研究论文。研究人员利用冷冻电镜技术首次解析了MC2R与MRAP1、ACTH及下游Gs蛋白复合物的三维结构，揭示了MC2R依赖MRAP1对ACTH特异的分子识别机制。 2023年1月2日，临港实验室蒋轶团队联合中国科学院上海药物研究所徐华强和复旦大学王明伟团队，在Cell Research上发表了题为“Structural basis of signaling regulation of the human melanocortin-2 receptor by MRAP1”的研究论文。研究人员利用冷冻电镜技术首次解析了MC2R与MRAP1、ACTH及下游Gs蛋白复合物的三维结构，揭示了MC2R依赖MRAP1对ACTH特异的分子识别机制。G蛋白偶联受体（GPCR）的功能依赖于多种辅助蛋白的调控，如单次跨膜蛋白受体活性修饰蛋白1（RAMP1）别构调控B类GPCR的活性。黑素皮质素受体辅助... -
RNA编辑治疗杜氏肌营养不良症2022-12-152022年12月13日，The Journal of Clinical Investigation期刊在线发表了题为Mini-dCas13X-mediated RNA editing restores dystrophin expression in a humanized mouse model of Duchenne muscular dystrophy 的研究论文。该研究表明，Mini-dCas13x介导的RNA碱基编辑技术 (Mini-dCas13x derived RNA base edtor, mxABE)可以高效恢复人源化杜氏肌营养不良症（Duchenne Muscular Dystrophy，DMD）小鼠模型中肌萎缩蛋白 (Dystrophin) 的表达，Mini-dCas13x编辑技术由杨辉与胥春龙研究员等研究者共同开发，并于2021年... 大约10%的单基因疾病是由无义点突变引起的，无义点突变产生提前终止密码子(Premature termination codons, PTCs)，导致蛋白质截短和突变mRNAs的无义介导的衰变，其中约50%可以通过腺嘌呤碱基编辑器(Adenine base editors, ABEs)的A-G转换逆转。具体而言，A-G转换可以将PTC转换为非终止密码子来恢复蛋白质表达，从而实现PTCs通读。2022年12月13日，The Journal of Clinical Investigation期刊在线发表了题为Mini-dCas13X-mediated RNA editing restores dystrophin expression in a humanized mouse model of Duche... -
CMPK2基因缺陷导致线粒体障碍和家族性脑钙化症2022-11-292022年11月29日，中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心熊志奇/程学文研究团队 (程学文现任临港实验室脑疾病研究部副研究员)与福建医科大学附属第一医院神经内科陈万金/王柠教授团队、山东大学齐鲁医院焉传祝/赵翠萍课题组合作，于Cell Discovery 期刊在线发表了题为“Loss of function ofCMPK2 causes mitochondria deficiency and brain calcification’的研究论文。该工作在国际上首次发现CMPK2基因双突变可导致线粒体功能障碍，并引起家族性脑钙化症 (Familial BrainCalcification，FBC) 2022年11月29日，福建医科大学附属第一医院神经内科陈万金/王柠教授团队, 中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心熊志奇/程学文研究团队，与山东大学齐鲁医院焉传祝/赵翠萍课题组合作，于《Cell Discovery》期刊在线发表了题为“Loss of function of CMPK2 causes mitochondria deficiency and brain calcification”的研究论文。该工作在国际上首次发现CMPK2基因双突变可导致线粒体功能障碍，并引起家族性脑钙化症（Familial Brain Calcification，FBC）。脑钙化病是一种影响广泛的神经障碍性疾病，在老年人中发... -
《Nature Communications》期刊在线发表题为《奖赏显著性而非空间注意力主导眶额叶脑区的价值表征》2022-10-222022年10月22日，《Nature Communications》期刊在线发表题为《奖赏显著性而非空间注意力主导眶额叶脑区的价值表征》的研究论文，该研究由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(神经科学研究所) 杨天明研究组完成,临港实验室研究员谢洋负责参与了设计和编写行为范式、收集和分析数据，以及修改研究论文。该研究采用清醒猕猴电生理记录的手段，揭示了眶额叶脑区的价值编码主要受到自下而上的奖赏显著性的影响，而不受自上而下注意力的调控，为我们理解价值抉择的神经机制提供了帮助。 2022年10月22日，《Nature Communications》期刊在线发表题为《奖赏显著性而非空间注意力主导眶额叶脑区的价值表征》的研究论文，该研究由中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）杨天明研究组完成,临港实验室研究员谢洋负责参与了设计和编写行为范式、收集和分析数据，以及修改研究论文。该研究采用清醒猕猴电生理记录的手段，揭示了眶额叶脑区的价值编码主要受到自下而上的奖赏显著性的影响，而不受自上而下注意力的调控，为我们理解价值抉择的神经机制提供了帮助。 在日常生活中，抉择的...
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